El actual Colegio santo Tomás de Villanueva echó a andar en septiembre de 1954, en los locales de la planta baja de la residencia de la parroquia Nuestra Señora de la Guadalupe, recién inaugurada. Surgió como iniciativa del gobierno provincial con sede en esta residencia, y del colegio se responsabilizaron los padres Elio Sandoval y José Monasterio.
Abrió sus puertas con 60 alumnos, en cuatro grados, pero el aumento de solicitudes fue espectacular. En el curso 1956-1957 ya estudiaban 106 alumnos; en el curso 1957-1958 la matrícula ascendía a 150 alumnos, y en el curso 1958-1959 los alumnos sobrepasaban los 200. El creciente número animó a los padres a la construcción de un edificio nuevo, independiente de la residencia de la comunidad.
Aparte del terreno que la compañía VICA donó a la Provincia, el consejo provincial, con fecha del 28 de mayo de 1951, había comprado un terreno de 5.000 metros cuadrados, colindante con el nuestro. En el mes de octubre de 1959, en esta parcela, comenzaron las obras de desmonte y explanación. Durante los meses de noviembre y diciembre los trabajos se llevaron a un ritmo lento, pues fue necesario superar dificultades grandes en ingeniería municipal, ya que el terreno era apto solamente para la construcción de quintas residenciales.
Obviando las dificultades y conseguido el permiso, las obras se ejecutaron con tal rapidez que para el inicio del curso 1960-1961 los alumnos dejaron la planta baja de la residencia y se trasladaron a las nuevas dependencias. El edificio constaba de dos alas o pabellones, en ángulo recto, con sus frentes al oriente. Cada uno de los pabellones constaba de planta baja y dos pisos: Planta baja: dirección, recibidor, dos salones, baños y vivienda de los empleados. La planta baja de uno de los pabellones quedaba libre, y en días de lluvias se utilizaba como patio cubierto. Piso primero: cuatro salones, salón amplio de 9 x 12, servicios sanitarios; el piso segundo tenía similar distribución que el primero.
Con el correr de los años las instalaciones resultaban pequeñas para el número de alumnos, y fue preciso construir dos aulas en la zona destinada a vivienda de los empleados. En el año 1965 se edificaron al fondo de la residencia cuatro aulas nuevas para laboratorios y áreas de exploración. En 1966 fueron ocho las aulas levantadas detrás de la residencia y de la iglesia, con la finalidad de que el bachillerato funcionase separadamente de la primaria, hecho que tiene lugar el curso 1966-1967.
La demanda de inscripciones en el colegio fue aumentando año tras año, a pesar de que la escasez de aulas y espacio impedían su aceptación. Se pensó en proceder a una ampliación del edificio que posibilitara de forma suficiente y holgada impartir educación secundaria. Obtenidos los permisos, comienza la obra en marzo de 1972. El movimiento de tierras en el cerro detrás de la iglesia fue grande, pero también muy provechoso, pues se ganó un buen número de metros con ello aumentó considerablemente la superficie para la edificación y patios. El nuevo edificio consta de una planta baja y tres pisos. Planta baja: salones destinados a laboratorios y áreas de exploración, patio cubierto para reuniones. Primer piso: diez aulas, biblioteca y sala de profesores. Segundo piso: siete aulas y un salón de actos con capacidad para 500 personas. Tercer piso: cinco salones de clase.
La inauguración de este edificio tuvo lugar en el curso 1973-1974, y la matrícula llegó a superar los 1.200 alumnos. En los años siguientes las mejoras han continuado. Se reconstruyó totalmente el sistema hidráulico y de drenajes de las aguas del colegio y de la residencia (1982), se remodeló el teatro y las oficinas de dirección, secretaría y administración; en 1984 se techó la azotea de primaria para que en ese espacio funcionase íntegramente el preescolar. En estos momentos, el Colegio ofrece un aspecto moderno, con amplias instalaciones, alcanzando la matrícula el número de 1.500 alumnos.